La antigüedad del pueblo no creemos se pueda remontar más allá de la Alta Edad Media. Aunque hemos encontrado un precioso ejemplar de hacha neolítica de serpentina, en el término municipal, en el pago conocido como “Carrajaba”, al ser este hallazgo esporádico, sin otros indicios de poblamiento neolítico, no lo podemos tener en cuenta. Parece ser que se trata de un ejemplar votivo, dada lo reducido de sus dimensiones 45x14x4 mm. Otros restos arquealógicos que aparecen en el término municipal del pueblo, son: En la “Dehesa de Santibáñez”, junto al camino que va de Alcuetas a Valdespino Cerón, en el pago conacido como “Las Mielgueras”, aparecen restos de teja curva, fragmentos de cerámica hecha a torno, de tipo medieval, y la parte inferior de un molino de conglomerado, circular, de 90 cms. de diámetro. En la “Dehesa de Arriba”, alrededor de unos muros de tapial que aún se pueden ver, aparecen fragmentos de cerámica gris y negra de tipo medieval. En la “Dehesa de Perales”, en “el Huelmo”, han aparecido fragmentos de molino de granito circular y restos de vasijas, hechas a torno, de pasta y grano muy grueso.
La fundación del pueblo creemos que coincide con la repoblación de mozárabes de los siglos IX-X. Esto viene avalado por el hecho de que el nombre del pueblo es una palabra compuesta del artículo árabe “Al” y la palabra latina “cota” que significa cerro.
Las primeras reseñas documentales pertenecen a mediados del S. XI, en un documento del Manasterio de Valdesaz, donde se habla de la donación a este monasterio de unas viñas en Alcuetas, en Valduertos. Posteriarmente conservamos un documento de 1078 que cuenta la donación hecha por Petro Moniz y su esposa Sol Pelaiz, y sus hijos Monio et Auro de un monasterio que ellos mismos habían edificado en la villa que llaman “Alcotes”; la donación se hace al obispo Pelayo de la sede legionense.
El Becerro del S. XIII cita dos iglesias, dedicadas una a Santa María y otra a S. Pedro.
En el año de 1349, Pedro Núñez de Guzmán dona la villa de Alcuetas al monasterio de Eslonza a cambio de que en dicho monasterio le dejen un lugar para su sepultura, “una sepultura alta… dentro en el coro de la iglesia del dicho manesterio de santo Pedro cerca la altar mayor do rresan las oras…”.
Posteriormente la villa fue convertida en Señorío, y así, en 1523, es Señora de Alcuetas Doña Constanza de Villalpando, y después lo fue Doña María Vaca, que se casó con D. Alfonso Enrique de Acuña, hijo del Conde de Valencia de D. Juan.